生物安全柜在工作區(qū)域內(nèi)使用經(jīng)過HEPA過濾的垂直單向氣流，以保護(hù)人員免受柜內(nèi)空氣傳播的生物危害和其他潛在有害顆粒的影響。當(dāng)這種垂直的單向向下流動的空氣與進(jìn)氣格柵下方的吸力結(jié)合并防止外部空氣污染物進(jìn)入工作區(qū)時，就可以實現(xiàn)產(chǎn)品保護(hù)。最后，由于空氣在排出之前經(jīng)過HEPA過濾，因此可以保護(hù)環(huán)境。

通風(fēng)櫥通過不斷將氣流從用戶身上帶到工作區(qū)域，從而保護(hù)用戶免受有毒或揮發(fā)性化學(xué)物質(zhì)的侵害。所有空氣均從機(jī)柜中排出，并且未經(jīng)HEPA過濾。沒有提供人員或環(huán)境保護(hù)。

HEPA過濾器僅捕集微粒，并且對氣體和蒸氣完全多孔，因此對于生物微粒危害或不產(chǎn)生蒸氣的化學(xué)藥品（如粉末），生物安全柜（II級）提供相同的保護(hù)。但是，某些程序要求使用揮發(fā)物。由于機(jī)柜工作區(qū)內(nèi)的電火花點火電位，必須限制揮發(fā)物的量。